"Nós viemos aqui no sentido de ajudar a preparar a formação do Governo de iniciativa presidencial, que vai acontecer dentro de alguns dias. O PAIGC vai participar, em princípio no novo Governo”, afirmou o também conhecido "comandante Manecas”. O dirigente do PAIGC falava aos jornalistas no final de um encontro com o Presidente guineense, Umaro Sissoco Embaló, que na semana passada dissolveu o Parlamento, marcou legislativas antecipadas para 18 de Dezembro e reconduziu no cargo o Primeiro-Ministro, Nuno Gomes Nabiam, e o vice-Primeiro-Ministro, Soares Sambu. "A décima legislatura acabou. Vamos preparar a 11ª e, portanto, nós temos de estar presentes nessa preparação, vai haver eleições e nós temos de estar presentes e o Governo é que prepara isso tudo”, acrescentou Manuel do Santos.

Questionado sobre se o PAIGC impôs condições para a sua participação no Governo, Manuel dos Santos disse que "isso fica para depois”, remetendo para mais tarde mais explicações sobre esta integração no Executivo de iniciativa presidencial.

O PAIGC venceu as legislativas de Março de 2019, sem maioria absoluta, e formou um Governo de coligação com a Assembleia do Povo Unido - Partido Democrático da Guiné-Bissau (APU-PDGB), União para a Mudança e Partido da Nova Democracia.

A APU-PDGB acabaria por abandonar a coligação e juntar-se à oposição no apoio à candidatura de Umaro Embaló às presidenciais que decorreram no final de 2019. Na sequência da sua tomada de posse, Umaro Sissoco Embaló demitiu o Governo do PAIGC e formou um outro com o Movimento para a Alternância Democrática (Madem-G15), Partido de Renovação Social (PRS), APU-PDGB, e vários movimentos que apoiaram a sua candidatura na segunda volta das presidenciais.

O PAIGC tem tecido fortes críticas ao Chefe de Estado guineense, acusando-o de não respeitar a Constituição e o Estado de Direito e de interferência nos assuntos internos do partido.

Após as eleições presidenciais, o candidato apoiado pelo partido, Domingos Simões Pereira, interpôs um recurso de contencioso eleitoral, que decorreu durante vários meses.

O PAIGC acabou por reconhecer os resultados eleitorais, mas exigiu sempre que o Chefe de Estado tomasse posse formalmente como Presidente numa cerimónia na Assembleia Nacional Popular. Umaro Sissoco Embaló, reconhecido pela Comissão Nacional de Eleições como o vencedor das presidenciais, tomou posse em Fevereiro de 2020, numa cerimónia que decorreu sem a presença do presidente do Parlamento. A posse foi conferida pelo então primeiro vice-presidente da Assembleia Nacional Popular e actual Primeiro-Ministro, Nuno Gomes Nabiam.